Hồ nằm trong một thung lũng trải dài từ vị trí gần Port-au-Prince ở Haiti đến Bahia de Neiba ở Cộng hòa Dominica. Thung lũng được gọi là Hoya de Enriquillo ở Cộng hòa Dominica và gọi là Plain du Cul-de-Sac ở Haiti. Các phần của vùng trũng nằm dưới mực nước biển và được bao phủ bởi các hồ muối lớn, bao gồm Hồ Enriquillo và Etang Saumâtre.

Có ba hòn đảo trong hồ: Barbarita, Islita và Isla Cabritos. Tính đến tháng 12 năm 2011, chỉ còn lại Isla Cabritos, hai hòn đảo còn lại bị nhấn chìm bởi mực nước hồ dâng cao.[2]

Hồ Enriquillo nằm trong một vùng trũng tuyến tính hình thành như một lưu vực dốc giữa nếp gấp và vành đai đẩy Haiti về phía bắc, và nằm ở vị trí của lớp vỏ đại dương được nâng lên của Massif de la Selle - Sierra de Bahoruco ở phía nam.[8] Khu vực đứt gãy Enriquillo-Plantain Garden cắt ngang qua nền lún, kéo dài từ Jamaica ở phía tây, gần Neiba thuộc Cộng hòa Dominica ở phía đông.[lower-alpha 2] Thung lũng vốn là một eo biển trước đây, được tạo ra từ khoảng một triệu năm trước, khi mực nước giảm và eo biển bị lấp đầy bởi các trầm tích của sông Yaque del Sur.[9] Rung chấn trong khu vực là thường xuyên.